В этой всей процедуре беспокоит только один вопрос, как потом продавать машину? (или ездить вечно). Очевидно, что пенты возьмут бабки и за снятие с учёта и потом с нового хозяина за постановку на учёт.
Я в своё время сходил в НАМИ и разговаривал с разными представителями тех.надзора ГИБДД на эту тему.
Если у вас уже всё оформлено, то ПТС должен был быть заменён на новый, с указанием о том, что двигатель поменян и с указанием документов на двигатель (купля-продажа, ГТД).
Если всё так, то придраться ни к чему нельзя. Т.е. не может быть оснований для отказа в снятии/постановке.
Плюс, на фридоме давно были описаны успешные случаи снятия/постановки.