На севере Юкон омывается водами Северного ледовитого океана, на востоке она граничит с Северо-Западными территориями, на юге — с Британской Колумбией, на западе — с американским штатом Аляска. Общая площадь — 482 443 км² (девятое место в Канаде), из них на сушу приходится 474 391 км². Крупнейшая река — Юкон.
Дорожная табличка, установленная между городами Скэгвей и Кэркросс. На табличке написано (сверху вниз): «Добро пожаловать в Юкон. Больше, чем жизнь.» Слова написаны на английском и французском языках.
В Юконе находится вторая по величине горная вершина Северной Америки — гора Логан.