Сечение провода ябы сказал должно быть несколько толще стандарта, так-как его длинна значительно больше, а значит и больше сопротивление(больше Ом) , массу лучше к кузову и к раме. Акумуляторы должны быть одинаковые! и в одинаковом состоянии, или как вариант, ну это уже для тено-ананистов , собрать блок на диодах, чтоб заряжались оба, но зделать один только для стартера, а второй для бортовой сети, прелесть будет в том, что если посадил бортовой акум музыкой например, всеравно всегда заведешь машину и зарядишь акум.
А еще можно поизвращатся и собрать контроллер зарядок, так чтоб ток зарядки шел больший на более разряженный акум, только мне кажется в таком случае луше систему дополнить кондером - балластом, например емкостью в фарад.
И еще я думаю с двумя акумами надо обязательно поставить предохранители на каждый ампер по 200, дабы избежать пожара в непредвидинных ситуациях...
А если чесно самый простой вариант просто заменить акум на больший по емкости, возможно разместить в багажнике, с одним будет меньше гимора и надежней.